北京儿童医院亦庄新院区位于北京市经济技术开发区西部，总建筑面积29.58万平方米，规划设有1200张床位，其中儿科床位1000张，妇产科床位200张。院区的核心建筑包括临床诊疗中心、科创中心和感染性疾病中心，可以满足国家医学中心的建设需求。

在设计理念上，亦庄新院区充分考虑妇女儿童就医人群的特点，以人文、科学、智能、绿色为核心，以建设高水平的研究型医院和乐园式的妇儿健康保健基地为目标。临床诊疗中心作为主体建筑，位于新院区的核心位置，其形态酷似萌芽，是设计的中心主题，象征着生命的孕育与成长，融合了全生命周期的健康呵护理念。整个设计考虑了儿童的视角，将建筑、景观与室内设计融为一体，创造出一个对儿童友好的就诊环境，将有效缓解他们的就医焦虑和心理负担。

该项目预计2028年投入使用，建成后将补齐本市东南部妇儿专科资源短板，推动京津冀协同发展，同时提升医疗科研发展和成果转化能力。未来，北京儿童医院将开启一院三址的新局面，建成后西城院区将缩减至600张床位，而规划中的海淀北部院区将设置500张床位，进一步优化医疗资源布局，为更多患儿提供优质的医疗服务。